Sono organi del Centro il Direttore e il Consiglio Direttivo, le cui funzioni e i criteri di assegnazione e durata degli incarichi sono stabiliti dal Regolamento del Centro di Microscopie.

Il Personale tecnico del Centro cura i rapporti con l'utenza e il buon funzionamento delle attrezzature.

La Segreteria Unica dei Centri Interdipartimentali e di Servizio di Ateneo, in collaborazione con il Direttore, cura l'attività amministrativa e gestionale del Centro.